馬耳他騎士團(tuán)與馬耳他共和國(guó)在今天是兩個(gè)沒(méi)有關(guān)系的政治實(shí)體。然而從名字上我們就能知道，二者在曆史上有關(guān)系。馬耳他騎士團(tuán)的全名是“耶路撒冷、羅得島及馬耳他聖約翰主權(quán)軍事醫(yī)院騎士團(tuán)”，簡(jiǎn)稱(chēng)“醫(yī)院騎士團(tuán)”或“馬耳他騎士團(tuán)”。這麼長(zhǎng)的名字本身就是騎士團(tuán)曆史的濃縮。

　　馬耳他騎士團(tuán)的前身是著名的醫(yī)院騎士團(tuán)，它成立于 1099 年第一次十字軍東征之後。當(dāng)時(shí)法國(guó)貴族在耶路撒冷的施洗者聖約翰教堂附近的醫(yī)院裏成立，主要目的是照料傷患和朝聖者，並保護(hù)醫(yī)院設(shè)施，故而這個(gè)騎士團(tuán)被稱(chēng)爲(wèi)“耶路撒冷聖約翰醫(yī)院騎士團(tuán)”。

　　1120 年，法國(guó)人雷蒙·杜·皮伊繼承首領(lǐng)位置，在他的帶領(lǐng)下醫(yī)院騎士團(tuán)逐漸從保護(hù)朝聖者的醫(yī)生、慈善修士轉(zhuǎn)變爲(wèi)騎士和職業(yè)軍人。同時(shí)，作爲(wèi)修會(huì)僧侶，醫(yī)院騎士團(tuán)遠(yuǎn)比普通十字軍士兵更安貧樂(lè)道、紀(jì)律嚴(yán)明、吃苦耐勞，戰(zhàn)鬥力更強(qiáng)。

　　很快騎士團(tuán)就成爲(wèi)耶路撒冷王國(guó)的重要軍事力量，甚至能夠影響王國(guó)的政局。這一時(shí)期醫(yī)院騎士團(tuán)與聖殿騎士團(tuán)、條頓騎士團(tuán)並稱(chēng)三大騎士團(tuán)，在耶路撒冷王國(guó)擁有 7 座大要塞，140 多座其它建築。

　　隨後騎士團(tuán)一直堅(jiān)持到 1291 年才放棄巴勒斯坦並前往塞普勒斯。他們獲得了塞普勒斯國(guó)王賜予的科洛西城堡及附近的甘蔗種植園和糖廠。

　　1309 年騎士團(tuán)從拜占庭帝國(guó)手中奪取了羅德島及周?chē)鷯u嶼。此後騎士團(tuán)的名稱(chēng)又加入羅德島。在這裏，騎士團(tuán)用海軍阻止了穆斯林向東地中海地區(qū)的擴(kuò)張。當(dāng) 1453 年君士坦丁堡落入土耳其人的手裏時(shí)，羅得島是整個(gè)東地中海地區(qū)唯一的基督教力量。

　　1798 年 6 月 11 日，出任法國(guó)埃及方面軍司令的拿破侖在進(jìn)軍埃及的途中取道馬耳他。在強(qiáng)勢(shì)的攻擊下醫(yī)院騎士團(tuán)投降，拿破侖占領(lǐng)馬耳他島。島上的修道院和教堂被法軍洗劫，騎士團(tuán)成員便四散開(kāi)來(lái)，多數(shù)去往了俄國(guó)。俄國(guó)沙皇保羅一世承諾給予抵達(dá)俄國(guó)的騎士團(tuán)成員庇護(hù)，騎士團(tuán)則選舉保羅一世爲(wèi)新的騎士團(tuán)大團(tuán)長(zhǎng)。

　　離開(kāi)了馬耳他島之後，騎士團(tuán)就此失去了領(lǐng)土，但仍作爲(wèi)一個(gè)組織存在，1802 年，騎士團(tuán)對(duì)馬耳他島的主權(quán)通過(guò)《亞眠條約》(Treaty of Amiens)得到英法等國(guó)承認(rèn)，但從未被允許回到島上。1834 年，醫(yī)院騎士團(tuán)在羅馬重建總部，終于再次穩(wěn)定下來(lái)。這時(shí)騎士團(tuán)的軍事使命已經(jīng)完結(jié)，此後主要從事慈善事業(yè)。

　　自此，“馬耳他”只留在了騎士團(tuán)的名稱(chēng)中，而騎士團(tuán)與馬耳他島已經(jīng)沒(méi)有實(shí)際關(guān)系。